Muchos factores conspiran contra la autonomía escolar. Ninguno tan amenazante como la aplicación y extensión del nuevo sistema escolar, cuyo eje central es la sustitución de la autonomía escolar por la autonomía financiera. Según lo neoliberalismo se trata de establecer la verdadera autonomía. Es decir, cada institución se autofinancia, recibe los recursos del Estado como subsidio, como una suma fija por estudiante, de forma asistencial; nombrar los maestros y, por consiguiente, regula el pago y las prestaciones sociales; Transfiere a los padres de familia y de las comunidades la dotación de las escuelas; responsabiliza a cada institución de la consecución de los recursos.
