El Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación Colciencias ha constituido varios fondos en el ICETEX. Periódicamente el Instituto da a conocer convocatorias para qué investigadores, científicos, innovadores, tecnólogos y profesionales que quieran cursar estudios de maestría o doctorado, realizar pasantías de actualización o de entrenamiento y tomar cursos cortos tanto en Colombia como el exterior, puedan hacerlo en procura del desarrollo científico y tecnológico nacional.