El desafío de la globalización y la necesidad de dar respuesta a las demandas de la sociedad en un momento de dificultades económicas están impulsando a las universidades a redefinir sus estrategias institucionales. La creación conjunta de estrategias de educación, investigación e innovación en las universidades públicas en el marco del triángulo del conocimiento está sometida a limitaciones derivadas de la fragmentación de su gobernanza interna y a una excesiva homogeneización de sus objetivos, instrumentos y procedimientos de evaluación y priorización. Desgraciadamente, la diversificación de las universidades no está siendo impulsada por las propias administraciones públicas; la consecuencia es un limitado apoyo en la definición de estrategias institucionales.El presente artículo describe el contexto deseable para que las universidades puedan definir una estrategia integrada en el marco de confluencia del EEES y del EEI y el proceso de modernización de las universidades europeas emprendido por la UE. En este contexto, tanto las políticas de contratación de investigadores, como las de infraestructuras o alianzas estables con otras entidades en las áreas prioritarias que se determinen, deben integrarse junto a las normativas específicas que sean necesarias. Para ello, es necesario establecer una estructura de gobernanza diferente que ayude a modificar la asignación de recursos combinando las acciones abajo-arriba a iniciativa de los profesores con otras arriba-abajo impulsadas desde la Universidad. Finalmente, se presenta la estrategia institucional puesta en marcha por la Universidad Politécnica de Madrid (UPM) para redefinir sus prioridades en algunas áreas profundizando en sus especiales características. El caso de la Tecnología Biomédica se expone para explicar las consecuencias sobre la estructura, recursos humanos y gobernanza. Expresamente, se describe la forma en la que el desarrollo del Parque Científico y Tecnológico y los Campus de Excelencia sirven a este propósito en el marco de la Iniciativa institucional BioTech-UPM.
