El objetivo de este trabajo consiste en ofrecer una revisión de la historia de las colecciones de instrumentos científicos en los institutos de enseñanza secundaria en España, la mayor parte creadas a mediados del siglo XIX. Prestaremos especial atención a sus principales promotores y usuarios, así como a los usos para los que fueron inicialmente empleadas y las razones que condujeron a su progresivo abandono con la llegada de nuevos métodos pedagógicos. En primer lugar comentaremos las colecciones creadas a finales del siglo XVIII para conocer la situación existente a mediados del siglo XIX, cuando el Gobierno llevó a cabo iniciativas para dotar de amplios gabinetes de física y química a los nuevos centros de enseñanza secundaria. Nuestro trabajo finalizará con un repaso general de la situación general de las colecciones y algunas propuestas para asegurar su uso como fuentes históricas, herramientas didácticas y objetos de valor museístico y patrimonial.