La presente investigación muestra el papel que juega el estudio hidrobiológico preliminar del rio Zabaleta como estrategia pedagógica. Los objetivos fueron mejorar el bajo nivel de desempeño académico de los estudiantes de básica secundaria en el área de ciencias naturales y educación ambiental y despertar el espíritu investigativo de 21 estudiantes de grado noveno, de la Institución Educativa Rural Divino Niño del Municipio de San José del Fragua, Caquetá. El enfoque metodológico que se aplicó fue el crítico social; y el tipo de investigación fue la investigación, Acción, Participación Pedagógica. La investigación se desarrolló en un tramo del rio Zabaleta, conocido como la Balastrera, en tres fases: primer diseño de la estrategia, segunda aplicación de la estrategia y tercera evaluación de la misma. Los resultados obtenidos dan muestra de un cambio de actitud de los estudiantes como investigadores en lo comportamental y cognitivo, mejorando el nivel de desempeño de las competencias científicas y ciudadanas.