Anche se il tema della storia musicale non è presente nel sottotitolo della Rivista, non per questo è nelle tematiche proposte dalla Rivista stessa. La storia musicale vi appare con una nutrita presenza di vari contributi: se nel primo ventennio della storia della Rivista ci si era dedicati a figure occasionali della tradizione musicale, nel trentennio successivo sono stati pubblicati importanti contributi su figure rilevanti (Tartini, Vallotti) e sull'organizzazione della Cappella musicale della Basilica di Sant'Antonio. Contributi che si affiancano ad altre iniziative promosse dal Centro Studi Antoniani, come la Catalogazione del Fondo Musicale della Cappella Antoniana e la pubblicazione di una collana parallela «Corpus Musicum Franciscanum», che ripropone testi della grande tradizione musicale francescana conventuale.
