Nella pala già nel convento di San Francesco di Pirano, oggi depositata nel Museo Antoniano di Padova, l’iconografia offre particolari spunti di riflessione, che vanno inseriti nella fase, complessa e in genere da rivalutare, dell’ultima attività del pittore, come gli studi più recenti hanno evidenziato. La raffigurazione di sant’Ambrogio in particolare, il ricco sistema vestimentario e gli accessori molto raffinati che lo contraddistinguono, inducono riflessioni sulla situazione religiosa dell’Istria e di Pirano, alle soglie dello scisma luterano verso cui la città , in date precoci, si mostrò ricettiva. La precisione e la fedeltà nella resa del paesaggio di Pirano inducono a credere che Carpaccio vi sia effettivamente stato e che quindi possa aver incontrato o almeno percepito tensioni nel dibattito religioso del tempo. In tal senso anche il particolare e grande vaso con le iris può essere connesso con le litanie lauretane, in cui la Vergine è invocata come Vas spirituale, Vas honorabile, Vas insigne devotionis.