Después de la etapa colonial, el siguiente período de presencia jesuita en Centroamérica tiene lugar en la segunda mitad del siglo XIX. Si la primera época estuvo atravesada de creatividad apostólica y éxitos educativos, el celo misionero y el conflicto caracterizaron esta segunda, los mismos que vivía la Iglesia en toda América Latina retada por la independencia y el Estado liberal moderno. Estas páginas, en continuidad con las ya escritas sobre la época colonial2, quieren ser un bosquejo de aquellos años difíciles, hasta heroicos, para los jesuitas y de sus trabajos en tierras centroamericanas. Tras un breve recuento sobre el final de la antigua Compañía centroamericana, aborda-remos el período que se inicia en 1842 con la llegada a Guatemala de los jesuitas belgas como capellanes de los colonos establecidos en Santo Tomás de Castilla y que concluye en 1896 cuando los superiores, presionados por el obispo Alejandro Peralta, optan por cerrar la pequeña comunidad del templo de San Francisco de Panamá y trasladar a sus miembros a Cartagena. Panamá era para entonces el único reducto jesuita en Centroamérica tras las expulsiones impuestas por los liberales en Guatemala, El Salvador, Nicaragua y Costa Rica.
