Desde el mismo día de la masacre de la UCA, se exigió justicia y verdad. En respuesta, se simuló un juicio contra algunos de los autores materiales de los asesinatos y se impidió el juzgamiento de los otros señalados por la Comisión de la Verdad, al institucionalizar una política de "perdón y olvido" y legalizar una amnistía amplia, absoluta e incondicional. Después, pareció posible juzgar a los autores intelectuales, por las recomendaciones de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos y lo dispuesto por la Sala de lo Constitucional, pero el sistema judicial salvadoreño argumentó que el paso del tiempo impedía hacerlo. Por lo anterior, los familiares de las víctimas se acogieron a la justicia universal a través de los tribunales de su patria, España; país al que pertenecían cinco de los jesuitas mártires. El camino por la justicia y la verdad continúa abierto: la justicia universal pretende juzgar a los presuntos responsables. Sin embargo, para que esto ocurra, es necesario que la Policía Nacional Civil y la Corte Suprema de Justicia de El Salvador, hoy por hoy, cooperen con esta justicia, capturando y extraditando a los exmilitares reiteradamente acusados de haber participado en la masacre.
